Le juge d’instruction peut interroger le suspect et le confronter avec la victime ou les témoins. Compte tenu du caractère contradictoire de l’instruction préparatoire, le suspect bénéficie d’un véritable statut : celui de témoin assisté ou celui de mis en examen, impliquant pour les deux a minima le droit d’être assisté par un avocat.​

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Le juge d’instruction peut donc mettre en examen toute personne à l’encontre de laquelle il existe des indices graves ou concordants, après avoir procédé à un interrogatoire de première comparution. Le juge doit privilégier le statut de témoin assisté en cas de doute. Le suspect mis en examen dispose de droits mais peut également être soumis à plusieurs obligations, notamment à celles du contrôle judiciaire.

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Enfin, un non lieu total peut être ordonné à la fin de l’information judiciaire.

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Attentat de la rue Chanez : l’« indic » de la DGSI bénéficie d’un non-lieu partiel.